倉儲管理中心處于整個架構最上層，控制整個系統的啟動和運作。命令從倉儲管理中心發出，經由中間件、EPCIS控制和應用進行處理，分配到具體的固定式識別系統或者手持終端，并同時操作數據庫。固定式識別系統采用固定式讀寫器和天線，可根據不同需要使用不同的配置方案，如功率、信道等。在出入口處或貨架上識別已貼上標簽的貨物，并根據不同的需要，對具體貨物標簽進行適當的資料補充和修改，然后上交給倉儲管理中心，更新數據庫，以完成各類操作。手持終端是帶有移動式讀寫器和天線的手持移動設備，可以通過無線網絡接收來自倉儲管理中心下達的命令，分析后提示并引導工人進行倉儲操作。
手持終端是紙箱級倉儲系統中必不可少的元素，工人可根據手持終端提示，對貨物進行相應的入庫、出庫、盤點操作，并可對小型糾正事件進行相應處理，而且手持終端在范圍內識別可隨意根據需要而改變。由于紙箱級倉儲的標簽之間會產生干擾，且貨物間的堆積也在一定程度上影響射頻識別，因此，手持終端的可重復操作性可從各個角度改變天線的發射和接收方向，更準確地識別標簽，彌補了固定式讀寫器和天線的不足。
通信方面，固定式讀寫器可采用以太網絡進行數據傳輸，數據傳輸有保證，可傳輸大量的數據，適用于盤點或快速入庫、快速出庫的場景。手持終端為保證實時性，使用進行數據通信，由于無線通信本身的缺陷，通信質量無法較好保證，因此，傳輸數據量應盡量減少，避免大量數據傳輸，適合于個體出入庫、小范圍盤點的場景。
倉儲系統操作設計流程倉儲系統中大部分操作都是由出庫、入庫、盤點操作組合而成，只是范圍大小和區域不同而已。這里，固定式讀寫器和移動終端通過倉儲管理中心協調工作，共同完成倉儲操作。入庫在貨箱級倉儲中，因貨箱較大，方便識別，可在叉車和托盤上安置天線。而紙箱卻相對較小且數量多，一次不可能只對一個貨物進行入庫操作，需要同時對多個貨物進行操作，因此，如何更好地提高效率、降低誤操作是入庫操作的重點。
由于在入口處使用傳送帶等設備對貨物進行分開，因此入庫流程中使用固定式讀寫器進行門口標簽識別，可以提高工作效率而且又不會產生過多的錯誤。而在貨物入庫過程中，貨物被堆積在一起，手持終端的配合使用便能解決大量標簽之間存在的干擾等多種問題。通過這樣的流程設計，可以智能地合理分配空間，精確地計算貨物與貨柜之間的信息統計。RFID技術在發揮了覆蓋面廣，速度快的同時，又兼顧了精確性，因此可以提高倉儲系統的效率。